Средства у оквиру ове компоненте користе се са циљем јачања прекограничне сарадње кроз заједничке локалне и регионалне иницијативе које имају за циљ унапређење одрживог привредног и друштвеног развоја у бројним областима: животна средина, природно и културно наслеђе, јавно здравље, спречавање и борба против организованог криминала, обезбеђење ефикасних и безбедних граница, као и унапређење заједничких акција малог обима које укључују локалне актере из пограничних подручја.
Компонента прекограничне сарадње превасходно подржава имплементацију пројеката који имају за циљ подстицање развоја предузетништва, туризма, малограничне трговине, као и унапређење интеграције прекограничних тржишта рада, иницијатива локалног запошљавања, једнакости полова и једнаких прилика, обуке и укључивање у друштво. Посебну област подршке представљају пројекти који имају за циљ унапређење размене људских ресурса и опреме за истраживање и технолошки развој.
Помоћ у оквиру друге компоненте ИПА додељује се као део Вишегодишњих програма за прекограничну сарадњу, који се израђују за сваку границу или групу граница на нивоу региона НУТС 3, или, у одсуству НУТС класификације, еквивалентним областима. Програм дефинишу, заједнички, земље учеснице у складу са одредбама Уредбе о коришћењу ИПА средстава. Програм прекограничне сарадње спроводи се са обе стране границе земаља учесница, и то у оквиру јединствених правила за све учеснике у програму. За сваки појединачни програм прекограничне сарадње, свака појединачна земља учесница мора да успостави одговарајућа оперативна тела за координацију и спровођење програма.
За координацију и спровођење програма прекограничне сарадње, у којима учествује Република Србија, задужен је Сектор за програме прекограничне и транснационалне сарадње. Сектор, између осталог, координира и рад Секретаријата програма са канцеларијама на локалном нивоу (Суботица, Вршац, Бор, Ниш, Пријепоље, Ужице и Сремска Митровица), које пружају подршку подносиоцима пројеката и корисницима донација на терену. Делегација Европске комисије у Београду има уговорну надлежност.
Пројекти се прикупљају кроз расписивање јавних позива, који је истовремен за обе стране границе и може да траје од 60 до 90 дана, у зависности од договора земаља партнера. Током позива, надлежни заједнички технички секретаријат организује обуке учесника како би припремили предлог пројекта у складу са постављеним захтевима, помаже се у налажењу партнера, на реализацији пројекта и успоставља се база података о потенцијалним партнерима у појединим областима.
Прекогранична сарадња има два модалитета. Први је сарадња са земљама чланицама, а други је сарадња између земаља западног Балкана. Модалитети се разликују по правилима имплементације пројеката. Код програма прекограничне сарадње који се спроводе између земаља чланица ЕУ и земаља кандидата и потенцијалних кандидата у буџетском периоду 2007-2013. обједињују се фондови намењени потенцијалним подносиоцима пројеката. Извор финансијских средстава за земље чланице представља Европски фонд за регионални развој (ЕРДФ). Финансијска средства намењена учесницима програма који долазе из земаља кандидата и потенцијалних кандидата обезбеђују се из друге компоненте Инструмента за претприступну помоћ.
У Србији, основе сарадње постављене су у периоду имплементације помоћи ЕУ у оквиру ЦАРДС програма (2000-2006), а посебно после самита у Солуну 2003. године, када је потврђена „европска перспектива“ земаља западног Балкана (Солунска агенда) и када су земље западног Балкана прихваћене као потенцијални кандидати. Ова сарадња реализована је у виду суседских програма с циљем да обезбеди сарадњу између земаља чланица и кандидата за чланство у ЕУ са њиховим суседима, уз смањење диспаритета у економском развоју, као и јачање сарадње између организација цивилног друштва у пограничним областима. Србија је у овим програмима врло активно учествовала и успешно искористила расположиве фондове за реализацију 174 пројекта.
Према Вишегодишњем индикативном финансијском оквиру за период 2007-2012. године, ЕУ је за другу компоненту издвојила око 350 милиона евра за земље кандидате и потенцијалне кандидате за чланство у ЕУ. Од наведеног износа, Република Србија ће за пројекте у оквиру компоненте прекограничне сарадње имати на располагању око 70 милиона евра.
Предлоге пројеката могу да подносе искључиво непрофитне организације/институције као што су:
• локална управа и њени органи, укључујући јавна комунална предузећа, болнице, медицинске и хитне службе;
• школе, библиотеке, установе културе, центри у заједници, културне, историјске или спортске асоцијације, и друге.;
• невладине, непрофитне организације;
• организације за подршку бизнису, као што су привредне коморе, пословни центри, асоцијације, секторске асоцијације, локалне трговачке асоцијације, и друге;
• агенције за регионални и локални развој;
• органи надлежни за заштиту природе или управљање парковима природе и јавна управа;
• јавна и приватна тела која пружају подршку радној снази (центри за нова (радна места, службе за размену послова, итд.)
• школе, више школе и универзитети из региона, укључујући установе за средње стручно и занатско образовање;
• еврорегиони (прекограничне или транснационалне структуре за сарадњу и спровођење регионалних и локалних програма).