Sredstva u okviru ove komponente koriste se sa ciljem jačanja prekogranične saradnje kroz zajedničke lokalne i regionalne inicijative koje imaju za cilj unapređenje održivog privrednog i društvenog razvoja u brojnim oblastima: životna sredina, prirodno i kulturno nasleđe, javno zdravlje, sprečavanje i borba protiv organizovanog kriminala, obezbeđenje efikasnih i bezbednih granica, kao i unapređenje zajedničkih akcija malog obima koje uključuju lokalne aktere iz pograničnih područja.
Komponenta prekogranične saradnje prevashodno podržava implementaciju projekata koji imaju za cilj podsticanje razvoja preduzetništva, turizma, malogranične trgovine, kao i unapređenje integracije prekograničnih tržišta rada, inicijativa lokalnog zapošljavanja, jednakosti polova i jednakih prilika, obuke i uključivanje u društvo. Posebnu oblast podrške predstavljaju projekti koji imaju za cilj unapređenje razmene ljudskih resursa i opreme za istraživanje i tehnološki razvoj.
Pomoć u okviru druge komponente IPA dodeljuje se kao deo Višegodišnjih programa za prekograničnu saradnju, koji se izrađuju za svaku granicu ili grupu granica na nivou regiona NUTS 3, ili, u odsustvu NUTS klasifikacije, ekvivalentnim oblastima. Program definišu, zajednički, zemlje učesnice u skladu sa odredbama Uredbe o korišćenju IPA sredstava. Program prekogranične saradnje sprovodi se sa obe strane granice zemalja učesnica, i to u okviru jedinstvenih pravila za sve učesnike u programu. Za svaki pojedinačni program prekogranične saradnje, svaka pojedinačna zemlja učesnica mora da uspostavi odgovarajuća operativna tela za koordinaciju i sprovođenje programa.
Za koordinaciju i sprovođenje programa prekogranične saradnje, u kojima učestvuje Republika Srbija, zadužen je Sektor za programe prekogranične i transnacionalne saradnje. Sektor, između ostalog, koordinira i rad Sekretarijata programa sa kancelarijama na lokalnom nivou (Subotica, Vršac, Bor, Niš, Prijepolje, Užice i Sremska Mitrovica), koje pružaju podršku podnosiocima projekata i korisnicima donacija na terenu. Delegacija Evropske komisije u Beogradu ima ugovornu nadležnost.
Projekti se prikupljaju kroz raspisivanje javnih poziva, koji je istovremen za obe strane granice i može da traje od 60 do 90 dana, u zavisnosti od dogovora zemalja partnera. Tokom poziva, nadležni zajednički tehnički sekretarijat organizuje obuke učesnika kako bi pripremili predlog projekta u skladu sa postavljenim zahtevima, pomaže se u nalaženju partnera, na realizaciji projekta i uspostavlja se baza podataka o potencijalnim partnerima u pojedinim oblastima.
Prekogranična saradnja ima dva modaliteta. Prvi je saradnja sa zemljama članicama, a drugi je saradnja između zemalja zapadnog Balkana. Modaliteti se razlikuju po pravilima implementacije projekata. Kod programa prekogranične saradnje koji se sprovode između zemalja članica EU i zemalja kandidata i potencijalnih kandidata u budžetskom periodu 2007-2013. objedinjuju se fondovi namenjeni potencijalnim podnosiocima projekata. Izvor finansijskih sredstava za zemlje članice predstavlja Evropski fond za regionalni razvoj (ERDF). Finansijska sredstva namenjena učesnicima programa koji dolaze iz zemalja kandidata i potencijalnih kandidata obezbeđuju se iz druge komponente Instrumenta za pretpristupnu pomoć.
U Srbiji, osnove saradnje postavljene su u periodu implementacije pomoći EU u okviru CARDS programa (2000-2006), a posebno posle samita u Solunu 2003. godine, kada je potvrđena „evropska perspektiva“ zemalja zapadnog Balkana (Solunska agenda) i kada su zemlje zapadnog Balkana prihvaćene kao potencijalni kandidati. Ova saradnja realizovana je u vidu susedskih programa s ciljem da obezbedi saradnju između zemalja članica i kandidata za članstvo u EU sa njihovim susedima, uz smanjenje dispariteta u ekonomskom razvoju, kao i jačanje saradnje između organizacija civilnog društva u pograničnim oblastima. Srbija je u ovim programima vrlo aktivno učestvovala i uspešno iskoristila raspoložive fondove za realizaciju 174 projekta.
Prema Višegodišnjem indikativnom finansijskom okviru za period 2007-2012. godine, EU je za drugu komponentu izdvojila oko 350 miliona evra za zemlje kandidate i potencijalne kandidate za članstvo u EU. Od navedenog iznosa, Republika Srbija će za projekte u okviru komponente prekogranične saradnje imati na raspolaganju oko 70 miliona evra.
Predloge projekata mogu da podnose isključivo neprofitne organizacije/institucije kao što su:
• lokalna uprava i njeni organi, uključujući javna komunalna preduzeća, bolnice, medicinske i hitne službe;
• škole, biblioteke, ustanove kulture, centri u zajednici, kulturne, istorijske ili sportske asocijacije, i druge.;
• nevladine, neprofitne organizacije;
• organizacije za podršku biznisu, kao što su privredne komore, poslovni centri, asocijacije, sektorske asocijacije, lokalne trgovačke asocijacije, i druge;
• agencije za regionalni i lokalni razvoj;
• organi nadležni za zaštitu prirode ili upravljanje parkovima prirode i javna uprava;
• javna i privatna tela koja pružaju podršku radnoj snazi (centri za nova (radna mesta, službe za razmenu poslova, itd.)
• škole, više škole i univerziteti iz regiona, uključujući ustanove za srednje stručno i zanatsko obrazovanje;
• evroregioni (prekogranične ili transnacionalne strukture za saradnju i sprovođenje regionalnih i lokalnih programa).